Cerita dimulai ketika tokohutama Yoshimori Sumimura yang berumur 9 tahun yang biasa saja. Tetapi dia sebenarnya pewaris generasi ke-22 dari para Kekkaishi. Kekkaishi adalah orang-orang yang bisa menciptakan kekkai atau pelindung berbentuk persegi, dan mengurung serta menghancurkan siluman yang terperangkap di dalamnya. Setiap malam, Yoshimori mencari dan membinasakan siluman ditemani anjing hantu bernama Madarao.
Selain keluarga Sumimura, adapula keluarga Yukimura yang juga kekkaishi. Hubungan mereka kurang begitu baik. Dahulu, kekkaishi digunakan untuk melindungi tuan tanah bernama Karasumori. Karena suatu hal, mereka akhirnya dihabisi oleh para siluman yang datang ke tanah milik mereka. Siluman-siluman itu tertarik dengan kekuatan spiritual yang dipancarkan tanah tersebut sehingga mereka mendatangi tanah itu untuk menjadi lebih kuat.
Dari keluarga Yukimura pewarisnya adalah Tokine Yukimura. Dia juga ditemani seekor anjing hantu bernama Hakubi yang genit. Kedua orang ini selalu melakukan tugasnya dengan baik. Suatu ketika Yoshimori lengah dan kewalahan melawan seekor siluman bercakar besar dan hampir tewas. Beruntung Tokine datang, tetapi tangannya terluka dan dia sekarat. Sampai sekarang bekas lukanya masih membekas. Sejak saat itu, Yoshimori bertekad untuk menjadi kekkaishi yang hebat agar Tokine tidak terluka lagi.
Semakin lama, masalah semakin rumit, ketika terungkap apa karasumori itu sebenarnya. Belum lagi masalah kurang tidur yang dialami Yoshimori, masalah asmara dengan Tokine dan sebagainya.
Akhirnya Yoshimori bertemu dengan teman yang juga suruhan kakaknya Masamori. Dia bernama Gen Shisiho. Saat pertama kali bertemu Gen dan Yoshimori seringkali bertengkar. Tapi setelah berapa lama akhirnya merekapun dapat berkarja sama. Dan meraka pun harus menghadapi organisasi ayakashi bernama Kokubourou. Setelah itu mereka menghadadapi ayakashi-ayakashi hebat dari sana. Akhirnya mereka berhasil melindungi Karasumori dengan mengorbankan nyawa Gen Shishio.
Setelah kematian Gen markas Yagyo pindah ke kediaman Sumimura. Yoshimori berjanji kepada teman Gen yang bernama Sen Kagemiya akan membalaskan dendam Gen. saat melawan Kokubourou, Yoshimori menyerahkan diri kepada Shion yang menyamar menjadi Kaguro. Saat Byaku akan memasukkan serangganya kepada Yoshimori, Yoshimori mengeluarkan Zekkai. Saat itu Yoshimori ditolong oleh Matsudo Heisuke teman kakek Shige yang telah meninggal.
Akhirnya Matsudo melawan Byaku. Byaku kalah. Lalu Yoshimori menyelamatkan Sen yang disekap Kokubourou. Tokine yang melawan Koshu menang dengan mudah. Tiba saatnya Yoshimori melawan Kaguro. Yoshimori yang kewalahan, menang saat Sen nyaris terkena tebasan Kaguro dengan menciptakan Kekkai yang memiliki kekuatan seperti Zekkai. Sen yang terkurung di dalamnya tak bisa apa-apa. Masamori menggunakan Zekkai untuk menembus Kekkai Yoshimori. Masamori kewalahan, bahkan Tokine pun turun tangan dengan jurus yang diajarkan nenek Toki. Akhirnya Tokine dapat menembus Kekkai Yoshimori dan Masamori dapat menembusnya. Kokubourou pun runtuh.
Setelah itu pun Yoshimori meminta maaf. Akhirnya markas Yagyo pun kembali ke tempatnya,hari-hari kembali seperti biasanya. Karasumori pun tetap dilindungi Yoshimori dan Tokine.

Karena mengingatkannya kepada mendiang ibunya, Kagami Kazuya selalu membawa obi peninggalan sang ibu bersamanya. Namun hanya setelah dia diselamatkan dari serangan mendadak makhluk Amasogi, Kazuya akhirnya bertemu kembali dengan Kiriha, gadis Tsukumogami atau jelmaan roh penghuni obi tersebut. Dengan gabungan kekuatan mereka berdua, Kazuya dan Kiriha kemudian dipercaya oleh Dewi Kukurihime untuk menjalankan tugas sebagai Susoharai yang harus mengalahkan setiap Amasogi yang muncul di kota mereka.