cerita dalam fil ini merupakan kisah 2 tahun setelah Final Fantasy VII: Last Order. Diceritakan, cloud bersama teman masa kecilnya, Tifa, membuka sebuah cafe dipinggiran kota Midgar yang diberi nama : Seventh Heaven. Tifa disini juga menjaga anak angkat Barret Wallace, yaitu Marlene Wallace dan juga seorang anak laki-laki yang menderita geostigma, Denzel. Cloud sendiri berjalan-jalan menuju pemakaman Zack dipuncak bukit diluar kota Midgar. Cloud mendapatkan sms dari Tifa bahwa Rufus ingin menemuinya. Maka, Cloud berangkat menuju kediaman Rufus, ditengah jalan, Cloud dihadang 3 orang yang tidak diketahui. mereka mengeluarkan Shadow Creeper untuk mengalahkan Cloud. namun, dengan sigap Cloud dapat mengalahkan mereka bertiga dan berjalan menuju kediaman rufus. sesampainya disana, Cloud bertemu Reno, salah satu bodyguard Rufus. kemudian Rufus muncul dan mengatakan bahwa Cloud sudah jauh lebih kuat. Cloud bertanya siapakah orang yang menyerangnya tadi. Rufus berkata bahwa mereka adalah 3 orang yang merupakan titisan Sepiroth. Rufus kemudian menawarkan Cloud untuk menjadi bodyguardnya. Cloud menolak kemudian dia keluar.

dilain pihak, Tifa yang sedang mengajak Marlene berkunjung kegereja Aerith diserang orang yang tidak diketahui. pertarungan pun berlangsung sengit. Tifa berhasil menjatuhkan orang tersebut. namun, orang itu bangkit lagi. sebelum melanjutkan pertarungan, orang itu menerima telfon dari seseorang. setelah selesai, mereka kembali bertarung. namun, Tifa berhasil dikalahkan, Marlene yang panik kemudian melemparkan materia yang berhasil dikumpulkan Cloud kearah orang itu. orang itu kemudian membawa marlene dan juga semua materia itu pergi. Tifapun pingsan.

Dirumah Rufus, dia mendapat tamu. ternyata dia adalah salah satu orang yang menyerang Cloud, Kadaj. Kadaj kemudian bertanya dimana 'ibu'(sel Jenova) berada. Rufus berkata tidak tahu. Kadaj tahu Rufus berbohong dan menunjukkan kekuatannya sebagai titisan dari Sepiroth. Rufus kaget dan Kadaj membawa Rufus pergi. mereka juga berhasil membawa pergi Denzel dan anak-anak penderita geostigma yang lain ke tempat yang jauh

Cloud datang kegerja Aerith untuk mengenangnya. disana, dia melihat tubuh Tifa tergolek lemah. Cloud menghampiri Tifa dan melihat sekeliling. ternyata materia yang dia kumpulkan sudah hilang. Cloud ingin pergi, namun serangan geostigma muncul. tubuhnya kembali kacau dan dia pingsan. saat pingsan aerith datang dan menyembuhkan mereka.

saat sadar, mereka sudah ada dirumah Rufus. Cloud melihat Reno dipintu dan Rude, 2 bodyguard Rufus. Reno berkata bahwa bos Rufus diculik oleh seseorang. Cloud kemudian berpikir bahwa orang itu mungkin orang yang menghadangnya dan mengalahkan Tifa. Cloud awalnya tidak mau menyelamatkan Rufus. namun Tifa malah memarahi Cloud. Tifa berkata bahwa dia tak seharusnya seperti itu dan harus bangkit dari keterpurukan kehilangan Aerith. setelah melalui percakapan panjang, akhirnya Cloud setuju untuk pergi. Cloud bertanya dimana dia bisa menemui mereka. Rude kemudian berkata di Forbidden City, Agit. sebuah kota yang amat jauh dari midgar.

dilain pihak, kadaj mengumpulkan anak-anak penderita geostigma dan mulai menghasut mereka. dia kemudian menunjukkan kekuatan yang akan melepaskan mereka dari penderitaan geostigma. Kadaj masuk kedalam danau dan air danau berubah hitam. Kadaj meminum air tersebut dan tersenyum. anak-anak yang lain termasuk Denzel mengikuti Kadaj. merekapun kemudian kehilangan kesadaran dan terhipnotis.

Dijalan menuju Forbidden City, Cloud mendapat penglihatan dari Aerith. Aerith merasa hati Cloud gundah. Cloud kemudian meminta maaf atas apa yang terjadi pada dirinya. Aerith tersenyum dan berkata bahwa itu bukanlah kesalahan Cloud dan kemudian menghilang. Cloud melanjutkan perjalanan dan melihat bahwa tentara Kadaj adalah anak-anak kecil termasuk Denzel yang terhipnotis dan Marlene yang diculik Loz. Cloud kemudian bertarung dengan Kadaj, Yazoo, dan Loz disana. pertarungan berlangsung sengit. Cloud hampir kalah dikeroyok, kemudian Vioncent datang untuk membawa Cloud mundur sementara. mereka bertiga dan anak-anak itu kemudian pergi menuju midgar untuk menjalankan aksinya. Cloud duduk ditepi sungai dan bertanya pada Vincent siapa mereka. Vincent berkata bahwa mereka adalah titisan dari Sepiroth. mereka bukan manusia, melainkan sifat-sifat jahat Sepiroth. kemudian Marlene datang dan berkata bahwa Denzel diajak oleh orang-orang jahat tersebut. Cloud menenagkan Marlene tapi tidak bisa. Marlene berkata bahwa Cloud harus menyelamatkan Denzel dri orang-orang itu. Cloud tidak mau. Marlene lalu marah dan berkata bahwa Cloud pengecut. Vincent kemudian menimpali bahwa inilah saat untuknya untuk membalas kematian Aerith. kemudian Cloud tersenyum dan siap untuk bertarung.

dimidgar, suasana sudah kacau. Yazoo dan Loz kemudian memanggil Shadow Creeper untuk membunuh orang-orang. semua orang lari. Tifa yang sampai melihat Denzel dan mengajaknya pergi. tapi Denzel yang sudah terpengaruh diam saja. Kadaj kemudian memanggil Bahamut Shin dan menghancurkan kota. Bahamut Shin mengeluarkan api dari mulutnya dan menghancurkan tugu peringatan. Tifa dan Denzel terpental dan pingsan. Sesampainya disana, Cloud sudah melihat kekacauan. setelah menyuruh Marlene untuk pulang, Cloud menuju pusat kekacauan. disana, Tifa yang sudah sadar bertarung dengan Shadow Creeper. disaat bahamut shin ingin melontarkan api kearah Denzel, tiba-tiba Barret Wallace datang dan menembakkan gelombang kejut kearah Bahamut Shin. kemudian teman-teman yang lain datang seperti Cid, Yuffie, Vincent, Red dan kakek kucing. mereka semua bersama bertarung untuk menjatuhkan Bahamut Shin. Akhirnya Cloud berhasil mengalahkan Bahamut Shin setelah mendapatkan kekuatan dari teman-temannya dan juga Aerith.

dilain pihak Rufus akhirnya mengakui bahwa selama ini dia yang menyembunyikan Jenova. Kadaj marah dan menyerang Rufus. Rufus melemparkan sel Jenova dan menmbaknya. namun meleset. Akhirnya Kadaj mendapatkan sel Jenova dan pergi sebelum Cloud berhasil menangkapnya. akhirnya Cloud mengejar Kadaj, Yazoo, dan Loz. Cloud mendapatkan hadangan dari Yazoo dan Loz. namun, Cloud mendapatkan bantuan dari Reno dan Rude. Cloud mendapat sabetan dilengan kirinya dan memutuskan untuk melepas kain yang menutupi lengan kirinya. Cloud akhirnya mengejar Kadaj sampai gereja Aerith. disana Kadaj menghancurkan pilar gereja dan berusaha kabur. namun, Aerith membantu Cloud dengan memunculkan mata air yang dapat melemahkan Kadaj. Kadaj akhirnya pergi. dan geostigma Cloud sembuh berkat mata air itu. Cloud kembali mengejar Kadaj dan akhirnya mereka bertarung dipinggiran kota midgar. Cloud mendapatkan perlawanan yang sulit karena Kadaj sehebat Sepiroth. akhirnya Cloud berhasil memojokan Kadaj. disaat seperti itu, Kadaj menyatukan dirinya dengan sel Jenova. kemudian, dia berubah jadi Sepiroth. Cloud akhirnya bertarung dengan Sepiroth. Sepiroth berubah menjadi malaikat bersayap satu dan mereka bertarung disisa-sisa gedung Shin-Ra Corp. disana Cloud mengalami luka parah dan hampir kalah, namun, Zack datang dan mengatakan bahwa kunci mengalahkan seseorang adalah tenang. Cloud kemudian mengeluarkan kekuatannya dan menyerang Sepiroth bertubi-tubi. Sepiroth kalah dan berubah kembali menjadi Kadaj.

Kadaj kemudian menghilang setelah hujan (Rain Gospell) yang diturunkan Aerith memisahkan kebaikan dan kejahatan dari tubuhnya. hujan itu ternyata juga menyembuhkan semua anak-anak penderita geostigma. namun, tiba-tiba yazoo dan loz sudah ada dibelakang cloud dan menembaknya dengan materia yang mereka serap. ledakan terjadi dan tubuh Cloud hilang.

Denzel dan Marlene dirumah mendapatkan telfon bahwa mereka yang ingin sembuh dianjurkan menuju gereja Aerith. ternyata suara itu beraasal dari Aerith. Mereka berdua dan sisa anak yang belum sembuh menuju gereja itu.

dalam kematian, Cloud mendengar suara Aerith dan Zack yang mengatakan bahwa mereka berdua bangga dengan Cloud. Cloud berkata apakah aku akan mati? Aerith menjawab mereka akan akan membantu Cloud untuk hidup lagi. Cloud membuka mata dan melihat sekeliling. dia ada digereja Aerith dikelilingi semua warga midgar. Cloud kemudian menggendong Denzel dan mengguyurnya dengan air yang telah menyembuhkannya. Denzel sembuh dan semua orang yang menderita geostigma menyeburkan diri kesana. Cloyd melihat kearah teman-temannya dan tersenyum. dipintu gereja, Cloud melihat Aerith dan Zack. mereka tersenyum kearah Cloud dan Aerith berkata bahwa tidak ada yang perlu dikhawatirkan lagi. kemudian Zack melambai dan mereka berdua hilang didalam cahaya. Cloud akhirnya bisa melihat anak-anak kembali tersenyum.

tokoh ff7: advent children versi cewe
tokoh ff7:advent children versi cowo