Rantarou, seorang anak lelaki berkaca mata dan berambut merah, memasuki Ninjutsu Gakuen (Sekolah Ninja). Ia ingin menjadi seorang menjadi ninja yang elit, tidak seperti ayahnya yang hanya ninja biasa dan miskin (dan berakhir menjadi petani). Di sekolah, ia bertemu dengan Kirimaru, seseorang yang sangat pelit dan mata duitan, dan Shinbei, seorang bocah gemuk yang hingusnya sering meleleh dan rambutnya yang tajam, dan juga anak orang kaya.
Ketiganya adalah murid Ichinen-hagumi ('Kelas satu kelas Ha, yaitu kelas ketiga mengikuti susunan kata I-Ro-Ha, dalam kelas-kelas yang dinamakan Igumi, Rogumi dan Hagumi). Celakanya bagi para guru, Hagumi adalah kelas yang buruk. Di sekolah tersebut, murid dipanggil nintama, pecahan suku kata kanji ninjutsu dan tamago, artinya telur. Maka, nintama diterjemahkan sebagai ninja telur, atau ninja yang muda.
Dua karakter guru utama adalah Doi Hansuke dan Yamada Denzou. Yamada lebih kepada tenaga pengajar lapangan, sementara Doi adalah pengajar di dalam kelas.
Murid kelas Hagumi senang menghabiskan waktu dengan melawak dan membuat para guru hilang kesabaran, lalu membanting kapur. Cerita paling menarik adalah tentang permusuhan Sekolah Ninja dengan para ninja berpakaian serbamerah dari Kastil Dokutake, yang diketuai Hieta Happousai.