Diperkirakan Danau Toba terjadi saat ledakan sekitar 73.000-75.000 tahun yang lalu dan merupakan letusan supervolcano (gunung berapi super) yang paling baru. Bill Rose dan Craig Chesner dari Michigan Technological University memperkirakan bahwa bahan-bahan vulkanik yang dimuntahkan gunung itu sebanyak 2.800 km³, dengan 800 km³ batuan ignimbrit dan 2.000 km³ abu vulkanik yang diperkirakan tertiup angin ke barat selama 2 minggu. Debu vulkanik yang ditiup angin telah menyebar ke separuh bumi, dari Cina sampai ke Afrika Selatan. Letusannya terjadi selama 1 minggu dan lontaran debunya mencapai 10 km di atas permukaan laut.

Kejadian ini menyebabkan kematian massal dan pada beberapa spesies juga diikuti kepunahan. Menurut beberapa bukti DNA, letusan ini juga menyusutkan jumlah manusia sampai sekitar 60% dari jumlah populasi manusia bumi saat itu, yaitu sekitar 60 juta manusia. Letusan itu juga ikut menyebabkan terjadinya zaman es, walaupun para ahli masih memperdebatkannya.

Setelah letusan tersebut, terbentuk kaldera yang kemudian terisi oleh air dan menjadi yang sekarang dikenal sebagai Danau Toba. Tekanan ke atas oleh magma yang belum keluar menyebabkan munculnya Pulau Samosir.

Tim peneliti multidisiplin internasional, yang dipimpin oleh Dr. Michael Petraglia, mengungkapkan dalam suatu konferensi pers di Oxford, Amerika Serikat bahwa telah ditemukan situs arkeologi baru yang cukup spektakuler oleh para ahli geologi di selatan dan utara India. Di situs itu terungkap bagaimana orang bertahan hidup, sebelum dan sesudah letusan gunung berapi (supervolcano) Toba pada 74.000 tahun yang lalu, dan bukti tentang adanya kehidupan di bawah timbunan abu Gunung Toba. Padahal sumber letusan berjarak 3.000 mil, dari sebaran abunya.

Selama tujuh tahun, para ahli dari oxford University tersebut meneliti projek ekosistem di India, untuk mencari bukti adanya kehidupan dan peralatan hidup yang mereka tinggalkan di padang yang gundul. Daerah dengan luas ribuan hektare ini ternyata hanya sabana (padang rumput). Sementara tulang belulang hewan berserakan. Tim menyimpulkan, daerah yang cukup luas ini ternyata ditutupi debu dari letusan gunung berapi purba.

Penyebaran debu gunung berapi itu sangat luas, ditemukan hampir di seluruh dunia. Berasal dari sebuah erruption supervolcano purba, yaitu Gunung Toba.Dugaan mengarah ke Gunung Toba, karena ditemukan bukti bentuk molekul debu vulkanik yang sama di 2100 titik. Sejak kaldera kawah yang kini jadi danau Toba di Indonesia, hingga 3000 mil, dari sumber letusan. Bahkan yang cukup mengejutkan, ternyata penyebaran debu itu sampai terekam hingga Kutub Utara. Hal ini mengingatkan para ahli, betapa dahsyatnya letusan super gunung berapi Toba kala itu. Bukti-bukti yang ditemukan, memperkuat dugaan, bahwa kekuatan letusan dan gelombang lautnya sempat memusnahkan kehidupan di Atlantis.

Parapat(disebut pula Prapat), adalah sebuah kota tujuan wisata di tepi Danau Toba, tepatnya berada di wilayah Kabupaten Simalungun, Sumatera Utara, berjarak sekitar 48 km dari Pematangsiantar. Parapat menjadi salah satu titik persinggahan penting dari Jalan Raya Lintas Sumatera bagian barat yang menghubungkan Kota Medan dengan Kota Padang.

Di Parapat banyak bertaburan hotel-hotel berbintang maupun bungalow-bungalow sejenis wisma penginapan yang menampung turis-turis domestik walaupun mancanegara yang berpesiar ke Danau Toba.

Dari Parapat sendiri ada pelabuhan feri yang melayani perhubungan air ke Pulau Samosir tepatnya ke pelabuhan Ajibata. Bila tidak melalui Parapat, maka untuk mencapai Pulau Samosir lewat perhubungan darat seseorang harus mengitari tepian Danau Toba sampai ke Pangururan karena di sanalah Pulau Samosir berhubungan dengan daratan Pulau Sumatera.

Parapat sangat terkenal dengan keindahan danau tobanya. Kota ini menjadi objek wisata terkenal di Sumatera Utara. Bahkan, di era 1990-an, tepatnya sebelum tahun 1997, kota ini menjadi destinasi favorit para turis-turis luar negeri, terutama berasal dari Belanda, Malaysia, Singapura, Jerman, Jepang, Korea, bahkan ada juga yang berasal dari Amerika. Namun, pada tahun 1997, terjadi gejolak krisis moneter yang membuat para turis menjadi enggan berwisata ke tempat ini.

Pulau Samosiradalah sebuah pulau vulkanik di tengah Danau Toba di provinsi Sumatra Utara. Sebuah pulau dalam pulau dengan ketinggian 1.000 meter di atas permukaan laut menjadikan pulau ini menjadi sebuah pulau yang menarik perhatian para turis.

Tuktuk adalah pusat konsentrasi turis di Pulau Samosir. Dari Parapat, Tuktuk dapat dihubungkan dengan feri penyeberangan. Selain perhubungan air, Pulau Samosir juga dapat dicapai lewat jalan darat melalui Pangururan yang menjadi tempat di mana Pulau Samosir dan Pulau Sumatera berhubungan.

Pulau Samosir sendiri terletak dalam wilayah Kabupaten Samosir yang baru dimekarkan pada tahun 2003 dari bekas Kabupaten Toba-Samosir.

Di pulau ini juga terdapat dua buah danau kecil sebagai daerah wisata yaitu Danau Sidihoni dan Danau Aek Natonang yang mendapat julukan "danau diatas danau"